La Manchuela Conquense cuenta con más de 180 cauces reseñables con una longitud total superior a los 800 Km. De estos solamente 14 poseen un régimen permanente, mientras que el resto de arroyos, barrancos, ramblas y vallejos, tributarios de los anteriores, presentan un régimen discontinuo de carácter más o menos torrencial.

Los ríos principales son el el Júcar y su afluente el Cabriel, además de algunos otros afluentes menores como el Valdemembra. De manera que la mayor parte del territorio de la comarca forma parte de la cuenca hidrográfica del Júcar (251.187,9 ha). Solamente en el borde occidental, al sur del pantano de Alarcón, en los municipios de Tébar, Sisante, Pozoamargo y Casas de Guijarrom una parte del territorio es vertiente del río Záncara y por tanto de la cuenca hidrográfica del Guadiana (8.939,9 ha).

Por otro lado en la comarca tiene parte de su trazado el Acueducto Tajo-Segura, en un recorrido de 31.815,83 m. paralelo al río Júcar por su margen derecha desde el Embalse de el Picazo.

El caudal circulante en el río Júcar alcanza su máximo (18,82 m3/s) en el mes de agosto y su mínimo (2,51 m3/s) en el mes de febrero. Por su parte el caudal circulante en el río Cabriel tiene su máximo en el mes de julio (15,56 m3/s) y su mínimo en el mes de diciembre (1,32 m3/s). El régimen de caudales de ambos ríos está totalmente alterado en función de la regulación que se realiza en los embalses con el fin de dar respuesta a las demandas hidroeléctricas y de regadío de la cuenca del Júcar. Este hecho genera importantes efectos negativos en la dinámica fluvial y en los ecosistemas de ambos ríos.